État civil :

• Nationalité française, né le 01/06/1984 à Besançon.

Expérience professionnelle

• 2011-... : Maître de conférences à l'Université Paris-Est Marne-la-Vallée
• 2010-2011 : Chercheur "postdoctorant" au CNRS
• 2007-2010 : Chercheur doctorant allocataire moniteur à l'Université Montpellier 2
• 2003-2007 : Fonctionnaire stagiaire normalien à l'Ecole Normale Supérieure de Cachan

Expérience de recherche

• 2011-... : recherche dans l'équipe ALGO du Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge.
• 2010-2011 : CDD de recherche en postdoc à l'Institut de Mathématiques de Luminy, avec Alain Guénoche (CNRS), à propos de partitionnement de réseaux d'interactions protéines-protéines.
• 2007-2010 : Thèse sur les décompositions de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques au LIRMM (Montpellier 2) sous la direction de Christophe Paul et Vincent Berry.
• 2006-2007 : Poursuite de la recherche sur les graphes 2-intervallaires au LIAFA (Paris 7), sous la direction de Michel Habib.
• Printemps-été 2006 : Stage de recherche de fin de M2 au LIAFA (Paris 7), sous la direction de Michel Habib, à propos des graphes 2-intervallaires.
• Printemps-été 2005 : Stage de recherche de fin de M1 au ZBIT (Université de Tübingen), sous la direction de Daniel Huson, à propos de la représentation des réseaux phylogénétiques (implémentation dans le logiciel SplitsTree des algorithmes développés).
• Été 2004 : Stage de recherche de fin de licence au LIRMM (Montpellier 2), sous la direction d'Olivier Gascuel et Denis Bertrand à propos des réarrangements topologiques sur les arbres de duplication en tandem.

Publications

• [J7] 2013 : Lionel Spinelli, Philippe Gambette, Charles E. Chapple, Benoît Robisson, Anaïs Baudot, Henri Garreta, Laurent Tichit, Alain Guénoche & Christine Brun
  Clust&See: a Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters,
  BioSystems, à paraître [DOI].
• [C6] 2013 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette,
  Linear-time Constant-ratio Approximation Algorithm and Tight Bounds for the Contiguity of Cographs,
  WALCOM'13 (Proceedings of the 7^th International Workshop on Algorithms and Computation), LNCS 7748, p. 126-136 [DOI].
• [J6] 2012 : Philippe Gambette et Katharina Huber
  On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level,
  JMB (Journal of Mathematical Biology) 61(1), p. 157-180 [DOI].
• [J5] 2012 : Philippe Gambette, Vincent Berry et Christophe Paul
  Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks,
  JBCB (Journal of Bioinformatics and Computational Biology) 10(4), 1250004 (23 p.) [DOI].
• [J4] 2011 : Philippe Gambette et Alain Guénoche
  Bootstrap Clustering for Graph Partitioning,
  RAIRO-Operations Research 45(4), p. 339-352 [DOI].
• [J3] 2010 : Christophe Crespelle et Philippe Gambette,
  Unrestricted and Complete Breadth-First Search of Trapezoid Graphs in O(n) Time,
  IPL (Information Processing Letters) 110, p. 497-502 [DOI]
• [C5] 2010 : Delphine Amstutz et Philippe Gambette,
  Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire,
  JADT'10 (Proceedings of the 10^th International Conference on statistical analysis of textual data), p. 227-238.
• [C4] 2009 : Christophe Crespelle et Philippe Gambette,
  Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search,
  IWOCA'09 (Proceedings of the 20^th International Workshop on Combinatorial Algorithms), LNCS 5874, p. 146-157.
• [J2] 2009 : Daniel Huson, Regula Rupp, Vincent Berry, Philippe Gambette et Christophe Paul,
  Computing Galled Networks from Real Data,
  ISMB/ECCB'09 (Proceedings of the 17^th Annual Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8^th European Conference on Computational Biology), Bioinformatics 25(12), p. i85-i93.
• [C3] 2009 : Philippe Gambette, Vincent Berry et Christophe Paul,
  The Structure of Level-k Phylogenetic Networks,
  CPM'09 (Proceedings of the 20^th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching), LNCS 5577, p. 289-300.
• [C2] 2009 : Philippe Gambette et Jean Véronis:
  Visualising a Text with a Tree Cloud,
  IFCS'09 (International Federation of Classification Societies 2009 Conference).
• [J1] 2008: Philippe Gambette et Daniel H. Huson:
  Improved Layout of Phylogenetic Networks,
  TCBB (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics), 5(3), p. 472-479, [DOI]. (⇒ Erdős nb 3)
• [C1] 2007 : Philippe Gambette et Stéphane Vialette:
  On Restrictions of Balanced 2-Interval Graphs,
  WG'07 (Proceedings of the 33^rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science), LNCS 4769, p. 55-65, [DOI].

Présentations

• 24/05/2013 : Nuages arborés et analyse textuelle - Présentation de l'outil TreeCloud, journée d'étude Réflexion sur les visualisations en sciences humaines, quels apports pour la textométrie ? au CEDITEC (Créteil).
• 21/11/2012 : (Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs, colloque BGW 2012 - Bordeaux Graph Workshop (Bordeaux).
• 25/10/2012 : La distance de chevauchement entre partitions, Applied Combinatorics, colloque en l'honneur des 65 ans d'Alain Guénoche au CIRM (Marseille).
• 13/09/2012 : Linearity and contiguity, a generalization of the C1P property, séminaire PEPS-C1P.
• 14/06/2012 : Nuages arborés pour extraire et visualiser des informations de corpus scientifiques, Séminaire CorText au LATTS (Marne-la-Vallée).
• 31/05/2012 : Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques, Rencontres MODEMAVE au LAREMA (Angers).
• 29/05/2012 : Codage des voisinages et parcours des graphes d'intervalles et de permutation, Séminaire de Mathématiques Discrètes, Optimisation et Décision de l'Université Paris 1 - Panthéon Sorbonne (Paris).
• 14/05/2012 : Nuages arborés et analyse textuelle, Séminaire de l'équipe InfoLingu du LIGM (Marne-la-Vallée).
• 17/04/2012 : Structure and enumeration of level-k phylogenetic networks, séminaire Spring Phylogenetics at UEA à l'Université East Anglia (Norwich, Royaume-Uni).
• 06/03/2012 : Partitionnement de graphes par optimisation de modularité et consensus de partitions, séminaire Graphes et structures discrètes du LIP et de l'IXXI (Lyon).
• 09/02/2012 : Longueur de branches et arbres de mots, colloque La cooccurrence, du fait statistique au fait textuel (Besançon).
• 18/11/2011 : Structure and enumeration of level-k phylogenetic networks, groupe de travail de l'équipe Algorithms, Programs and Resolution du LIP6 (Paris).
• 21/06/2011 : Quartets and unrooted phylogenetic networks, colloque Phylogenetics à l'Isaac Newton Institute (Cambridge, Royaume-Uni).
• 08/04/2011 : Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques, groupe de travail Combinatoire Énumérative et Algébrique du LABRI (Bordeaux).
• 07/04/2011 : Réseaux phylogénétiques pour la visualisation de données biologiques et textuelles, groupe de travail MaBioVis du LABRI (Bordeaux).
• 05/04/2011 : Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques, séminaire du LIGM (Marne-la-Vallée).
• 21/02/2011 : Problèmes d'optimisation combinatoire pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques, groupe de travail de l'équipe (A)CRO du LIF (Marseille).
• 09/02/2011 : Utilisation pratique des méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques, rencontres Alphy 2011 (Lyon).
• 30/11/2010 : Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques, soutenance de thèse au LIRMM (Montpellier).
• 09/11/2010 : Quadruplets et réseaux non enracinés de niveau k, Journées Graphes et Algorithmes JGA'10 (Marseille).
• 11/06/2010 : Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire, conférence JADT'10 (Rome, Italie).
• 17/03/2010 : Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques, séminaire Mathématiques, Evolution, Génome (Marseille).
• 08/12/2009 : Réseaux désorientés et arbres dans les nuages, réunion Phyl'ARIANE au LIRMM (Montpellier).
• 05/11/2009 : Codage des voisinages et parcours en largeur en temps O(n) des graphes d'intervalles et de permutation, Journées Graphes et Algorithmes JGA'09 (Montpellier).
• 23/10/2009 : Analyse de textes avec TreeCloud et Lexico3, journée OSIDMESH (Montpellier).
• 23/10/2009 : Géolocalisation de données et conception de cartes interactives, journée OSIDMESH (Montpellier).
• 06/10/2009 : Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques, journées SFS'09 (Angers).
• 03/09/2009 : Structure des réseaux phylogénétiques de niveau borné, conférence SFC'09 (Grenoble).
• 24/06/2009 : The structure of level-k phylogenetic networks, conférence CPM'09 (Lille).
• 06/05/2009 : Visualiser un texte par un nuage arboré, séminaire de doctorants SéminDoc du LIRMM (Montpellier).
• 09/04/2009 : Propriétés combinatoires des réseaux phylogénétiques de niveau k, journée DOCTISS'09 (Montpellier).
• 17/03/2009 : Visualising texts with tree clouds, conférence IFCS'09 (Dresde, Allemagne).
• 27/01/2009 : Reconstruction de réseaux phylogénétiques à structure arborée depuis un ensemble de clusters, rencontres Alphy-GTGC 2009 (Montpellier).
• 24/11/2008 : Des réseaux phylogénétiques pour visualiser les différences entre arbres de gènes, réunion Phyl'ARIANE à l'ISEM (Montpellier).
• 13/11/2008 : Décomposition et reconstruction de réseaux phylogénétiques de niveau k depuis des triplets, séminaire VAG au LIRMM (Montpellier).
• 24/09/2008 : Decomposition and reconstruction of level-k phylogenetic networks from triplets, séminaire de l'équipe Algorithms in Bioinformatics du ZBIT (Tübingen, Allemagne).
• 11/10/2007 : Graphes 2-intervallaires, classes voisines et sous-classes, séminaire de l'équipe VAG du LIRMM (Montpellier).
• 21/06/2007 : On restrictions of balanced 2-interval graphs, conférence WG'07 (Dornburg, Allemagne).
• 15/05/2007 : Z-list, F-list, diffusion d'un mème sur la blogosphère, réunion Autograph (Chevaleret, Paris).
• 10/11/2006 : Graphes 2-intervallaires et classes apparentées, Journées Graphes et Algorithmes JGA'06 (Orléans).
• 08/11/2006 : Graphes 2-intervallaires et classes de graphes d'intersection apparentées, séminaire des doctorants du LIAFA/PPS (Chevaleret, Paris).
• 15/09/2006 : Les graphes 2-intervallaires, soutenance de stage de master M2 (Chevaleret, Paris).
• 15/09/2005 : Représentation de réseaux phylogénétiques, soutenance de stage de master M1 (ENS Cachan).
• 06/06/2005 : Improving the layout of splits networks, séminaire des doctorants et stagiaires du ZBIT (Tübingen, Allemagne).
• 20/09/2004 : Propriétés topologiques des arbres de duplication, soutenance de stage de licence (ENS Cachan).

Enseignement

• 2011-... : maître de conférences à l'Université Paris-Est Marne-la-Vallée:
  • Cours, TD et TP d'algorithmique (159,5h_eqTD) en première année au DUT Services Réseaux Communications.
  • Tutorat de projet au DUT Services Réseaux Communications.
  • Cours d'ingéniérie linguistique
  (12h) dans le master Science et Ingéniérie Informatiques.
• 2009-2010 : moniteur au Département Informatique de la Faculté des Sciences de l'Université Montpellier 2 (40h_eqTD) :
  • TP et cours magistraux de l'U.E. FLIN102 pour le Certificat Informatique et Internet (4h30 cours + 27 h TP, soit 24h_eqTD).
  • Projet informatique FLIN607 en L3 (2 groupes, soit 16h_eqTD).
• 2008-2009 : moniteur au Département Informatique de la Faculté des Sciences de l'Université Montpellier 2 (108h_eqTD) :
  • TP et participation à la coordination de l'U.E. FLIN102 pour le Certificat Informatique et Internet (22+20h_eqTD),
  • TP FLIN302 de système/Python en L2 (33h_eqTD),
  • TD et TP FLIN301 d'algorithmique en L2 (33h_eqTD).
• 2007-2008 : moniteur au Département Informatique de la Faculté des Sciences de l'Université Montpellier 2 (68h_eqTD) :
  • TP FLIN102 pour le Certificat Informatique et Internet (22h_eqTD),
  • TP FLIN302 de système/Python en L2 (22h_eqTD),
  • TD FLIN301 d'algorithmique en L2 (24h_eqTD).
• 2004-2005 : participant au Forum Sciences TPE, de l'ENS Cachan (2h_eqTD).
• 2003-2004 : participant au Forum Sciences TPE, de l'ENS Cachan (5h_eqTD).

Responsabilités collectives

• Membre du comité de programme d'Imagine 2009.
• Membre du comité d'organisation de JOBIM 2010 (accueil, présentations), des JGA 2009 (présentations), de WG 2009 (présentations, actes LNCS), d'AlgoPerm 2012 (présentations, site web), de SeqBio 2012 (site web).
• Membre du comité d'organisation des Rencontres Entreprises - Ecoles Doctorales Montpellier 2010 (site web, livret de CV, actes).
• Co-organisateur de la rencontre DISH 2011 (Doctorants, Informatique et Sciences Humaines) satellite de TALN 2011, et de la journée OSIDMESH (Outils Statistiques et Informatiques pour Doctorants Montpelliérains En Sciences Humaines) en octobre 2009.
• Co-organisateur du SéminDoc, séminaire doctorants du département informatique du LIRMM, en 2008/2009.
• Membre de la commission web du LIAFA en 2006/2007.
• Co-responsable du portail HAL de l'université Paris-Est Marne-la-Vallée, et responsable de la bibliographie HAL du LIGM depuis 2012.
• Rapports d'articles pour WABI'08, WG'08, SODA'10, STACS'10, COCOON'10, RECITAL'11, WALCOM'13, Natural Computing, Algorithms in Molecular Biology, Bioinformatics, SIAM Journal on Computing, TCBB, Molecular Biology and Evolution, International Journal of Bioinformatics Research and Applications, BioMed Research International, Information Processing Letters.

Compétences

• Programmation : Python, Pascal Delphi, Java, Javascript, PHP/MySQL, Caml, Maple, R, C, C++, Prolog.
• Langues : français, anglais et allemand.
• Implémentations :
  • divers sites en PHP+MySql (Lisbonne par Pessoa, XKCD en français).
  • logiciel d'estimation de la densité des idées Densidées en Python et Delphi.
  • logiciel de visualisation de textes TreeCloud en Python et en Delphi.
  • logiciel de sous-titres Freecorp FurySync en Delphi.
  • logiciel de flashcards Freecorp Fury Language en Delphi.
  • collaboration aux logiciels SplitsTree et Dendroscope en Java.
  • moteur d'inférence en Java (projet de représentation des connaissances de M2).
  • programme de panoramas en C++ (projet de vision algorithmique de M1).
  • raytracer en Java (projet Java de licence).
• Administration, représentation :
  • 2012 : secrétaire de l'l'association Redoc, le réseau doctoral de l'Université Paris-Est.
  • 2009-2011 : représentant étudiant de l'Université Montpellier 2 au Conseil d'Administration du PRES Université Montpellier Sud de France (groupe de travail Charte des thèses UMSF, projet d'extension de la Maison des Étudiants, accueil des doctorants étrangers, revue de presse, etc.),
  • 2009-2011 : membre du conseil d'administration de l'association Contact des doctorants et docteurs de l'Académie de Montpellier, et des groupes de travail Guide du doctorat et Jeunes Chercheurs Étrangers de la Confédération des Jeunes Chercheurs.
  • 2005-2007 : étudiant élu au Conseil de Résidence du CROUS de Cachan en 2005 et 2006,
  • 2004-2005 : secrétaire du CRANS (association gérant le réseau des élèves de l'ENS Cachan) en 2004.

Formation initiale et diplômes :

• 2010 : Doctorat d'informatique de l'Université Montpellier 2.
• 2006 : Magistère STIC de l'ENS Cachan, mention bien.
• 2005-2006 : Master MPRI (Master Parisien de Recherche en Informatique), mention assez bien.
  Cours validés :
  • Analyse d'algorithmes
  • Algorithmique répartie
  • Ordonnancement
  • Linguistique et informatique
  • Traitement statistique de l'information (Université Paris Sud)
  • Représentation de connaissances (Université Paris Sud)
  • Interfaces hommes machines (Université Paris Sud)
  • Apprentissage et fouille de données (Université Paris Sud)
• 2004-2005 : Master MPRI (Master Parisien de Recherche en Informatique).
  Cours validés :
  • Combinatoire et algorithmes
  • Dynamique et algorithmique des réseaux
  • Vision algorithmique
  • Théorie de l'information
  • Bioinformatique formelle
  • Anglais (ENS Cachan)
• 2004-2005 : Licence d'informatique de l'Université Paris 7 (cours à l'ENS Cachan), mention assez bien.
  Cours suivis :
  • Logique
  • Calculabilité
  • Programmation
  • Algorithmique
  • Bases de données
  • Biologie, introduction à la bioinformatique
  • Projet en Java
  • Anglais
• 2003 : Admis à l'ENS Cachan, département informatique.
• 2001-2003 : Classes préparatoires scientifiques MPSI (mathématiques, physique, informatique) et MP* au lycée Louis-le-Grand, à Paris.
• 2001 : Baccalauréat scientifique (spécialité mathématiques, options européenne anglais et informatique) mention très bien obtenu au lycée Claude Nicolas Ledoux, à Besançon.

Compléments de formation :

• Printemps 2010 : module doctoral de préparation au TOEIC (obtenu le 23 septembre 2010 : 985/990)
• 15-19 juin 2009 : école thématique MISAT (Méthodes Informatiques et Statistiques en Analyse de Textes) du CNRS-Institut SHS (Besançon).
• Automne 2008 : cours de master de méthodes statistiques pour la génétique du M2 Biostatistiques de l'UM1, UM2 et Supagro.
• 17-21 juin 2008 : conférence Mathematics and Informatics in Evolution and Phylogeny MIEP08 (Hameau de l'Etoile, St.-Martin-de-Londres).
• 7-11 avril 2008 : Workshop on Graph Decomposition: Theoretical, Algorithmic and Logical Aspects au CIRM (et les autres réunions du projet ANR Graal).
• 2007-2010 : modules de formation des moniteurs par le CIES : autoscopie, technesthésie, théâtre, gestion des relations difficiles, lecture rapide, vulgarisation scientifique.
• 17-21 décembre 2007 : Workshop on Future Directions in Phylogenetic Methods and Models (Isaac Newton Institute for Mathematical Sciences, Cambridge, UK).
• 2006, 2007 : journées ATALA - le web comme ressource pour le TAL, typologies de textes pour le traitement automatique, résolution des anaphores en Traitement Automatique des Langues, productivité morphologique, traduction automatique.
• Automne-hiver 2006 : cours de master d'algorithmique des graphes du MPRI (rédaction des notes de cours).
• 28 août - 2 septembre 2006 : École d'été de Biologie de Marseille Luminy EEBL06 (Faculté des Sciences de Luminy).
• Printemps 2006 : cours de licence de théorie des graphes avancée de Michel Habib (ENS Cachan).
• 12-14 décembre 2005 : Workshop 2005 of the LIX - Bioinformatics, algorithms, structures and statistics (École Polytechnique, Palaiseau).
• 17-21 juin 2005 : conférence Mathematics of Evolution and Phylogeny MEP05. (Institut Henri Poincaré, Paris)
• Printemps 2005 : cours de master de bioinformatique de Daniel Huson (Université de Tübingen, Allemagne).

Autres activités

• Hobbies : lecture, cinéma, informatique ou mathématiques ludiques.
• Sports : tennis, vélo.

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