Stage de fin de licence au LIRMM (encadrement : Olivier Gascuel et Denis Bertrand)

Quelques propriétés topologiques des arbres de duplication

La moitié de l’ADN humain est constitué de séquences répétées. Parmi elles, on trouve des séquences répétées en tandem, c’est à dire des segments adjacents presque identiques, issus d’une suite de duplications en tandem d’un segment original. On cherche donc à reconstruire à partir de la séquence finale des segments l'histoire des duplications qui l'a générée. L'histoire des duplications peut être représentée par un arbre de duplication, qui est un arbre phylogénétique avec quelques contraintes dues au fait que les segments sont ordonnés.

On utilise donc des méthodes similaires aux classiques rencontrées en phylogénie pour reconstruire de tels arbres, et notamment l'amélioration par mouvements topologiques locaux dans l'arbre. Ainsi, on est amené à rechercher si un arbre de duplication reste arbre de duplication quand on lui enlève une feuille, un sous-arbre, ou qu'on détache un sous-arbre et qu'on le réattache à une autre arête de l'arbre (mouvement SPR). L'étude de ces mouvements était donc le sujet de ce stage.


Bilan du stage :


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