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Table des matières
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Index
Notes de Bioinformatique
Philippe Gambette
Date:
30 juin 2005 - version 3.0
Table des matières
Avant-propos
Analyse de séquences
Comparaison de séquences deux à deux
Alignement global optimal
Score élémentaire
Matrice de score
Parcours de la matrice
Alignement local optimal
Matrices de score
Matrices de distance entre séquences nucléiques
Matrices protéiques
Comparaison d'une séquence à une banque
FASTA
BLAST
Alignement multiple
Motifs et modèles
Motifs
Profils
Modèles de Markov cachés
Le séquençage des génomes
Le génome
Le décryptage du génome
L'approche historique
Les méthodes de reconstruction du génome
Les microARN
Phylogénie
Les arbres phylogénétiques
Optimisation de distance
UPGMA
Neighbour-joining
Analyses de saturation
Optimisation de la vraisemblance
Optimisation de la parcimonie
Enracinement d'un arbre phylogénétique
Améliorations par réarrangements topologiques
Les arbres de duplication
Le cas du VIH
Les origines du VIH
Les raisons de la difficulté de mise au point d'un vaccin
VIH et génétique
En conclusion
Les réseaux phylogénétiques
Le consensus d'arbres phylogénétiques
La visualisation des conflits phylogénétiques par les splitsgraphs
La découverte des recombinaisons
Modélisation, reconstruction et analyse de réseaux biologiques
Introduction aux réseaux biologiques
Le contexte de ce thème
L'introduction des réseaux
La cellule
Les caractéristiques de base de la vie
Les raisons de l'intérêt pour les cellules
Les bases de la reconstruction de réseaux
Les puces à ADN
Les analyses de bas niveau
Analyse d'image
Normalisation
Clustering
Le biclustering
La reconstruction de réseaux de transcription
Calcul de membrane
Notations
Syntaxe
Actions
Branes
Processus
Règles
Versions informelle et bitonale des règles
Equivalence projective
Annexe
Mise en pratique sous Linux
Commandes de base
Commandes de gestion des dossiers
Commandes de gestion des processus
Types de transferts de fichiers
Transfert FTP shell
Compression
Permissions
Commandes de gestion des fichiers texte
Outils de base
Centres de recherche en bio-informatique
Lexique anglais/français
Bibliographie
Index
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Philippe Gambette 2005-06-30
