Motifs

L'alignement multiple abordé précédemment permet de déduire des arbres phylogénétiques, comme nous le verrons au chapitre 8, et aussi, ce qui nous intéresse à présent, des consensus qui permettent d'identifier des zones fortement conservées. Utiliser ces consensus, que l'on appelle motifs, pourrait nous permettre de repérer des protéines mises de côté jusque là. On a donc créé des banques de motifs, comme PROSITE, qui contiennent des motifs de 3, 4 ou 5 acides aminés.

Ceci permet d'identifier certains sites dans une protéine à étudier. Un site de glycolisation, par exemple, permet d'attacher des glucides sur une chaîne peptidique, sur l'asparagine souvent. En fait, dans ce type de site, une enzyme reconnaît des acides aminés et y attache ses glucides. Ceci nous montre que le critère de découverte du motif n'est pas suffisant pour assurer que la protéine possède un tel site : si le motif est "caché" à l'intérieur de la protéine par exemple, il ne sera pas reconnu par l'enzyme, et donc inutile pour la protéine.



Philippe Gambette 2005-06-30