Enracinement d'un arbre phylogénétique

Les méthodes citées ci-dessus ne permettent pas nécessairement d'obtenir une phylogénie enracinée. On peut trouver la racine par la méthode d'outgroup ou celle du midpoint (point médian). La seconde consiste à repérer le noeud de l'arbre qui pourrait le mieux servir de consensus entre les séquences. La première est plus astucieuse : on ajoute à toutes nos séquences celle d'une espèce éloignée. Ainsi, elle se raccrochera à la racine de l'arbre phylogénétique que l'on avait obtenu. On réalise donc l'arbre phylogénétique avec toutes les séquences étudiées ainsi que cette séquence outgroup : la racine est le père de la séquence outgroup ajoutée.



Philippe Gambette 2005-06-30