Décompositions de graphes pour la reconstruction de réseaux phylogénétiques
(In English)Mon sujet de thèse
Les réseaux phylogénétiques constituent un modèle plus expressif que les arbres phylogénétiques pour représenter l'évolution d'espèces ou de gènes en prenant en compte les échanges de matériel génétique par transferts horizontaux de gènes, recombinaisons ou hybridations. L'étude récente de ces objets commence à faire apparaître des techniques issues de la théorie des graphes. Nous nous placerons donc dans cette optique pour trouver des algorithmes efficaces sur les réseaux phylogénétiques en faisant appel aux décompositions de graphes.Version plus détaillée en pdf
Who is who in Phylogenetic Networks
J'ai mis en place une
bibliographie étiquetée sur les réseaux
phylogénétiques 
,
qui indexe plus de 300 publications de plus de 300 auteurs, étiquetées par
un total de plus de 100 mots-clés.
Publications
A propos des réseaux phylogénétiques :
- 2011 :
Philippe Gambette et
Katharina Huber,
Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level,
manuscrit soumis à JMB, en révision. - 2011 : Philippe Gambette, Vincent Berry
et Christophe Paul,
Quartets and unrooted phylogenetic networks,
manuscrit soumis à JBCB. - 2010 : Philippe Gambette,
Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques,
thèse de doctorat, soutenue devant un jury composé de Vincent Berry et Christophe Paul (directeurs de thèse), Guillaume Fertin et Vincent Moulton (rapporteurs), Alain Guénoche, Violaine Prince et Éric Tannier (examinateurs). - 2009 : Philippe Gambette,
Reconstruction combinatoire des réseaux phylogénétiques,
Journées de la Société Française de Systématique, Biosystema, à paraître (matériel supplémentaire). - 2009 :
Daniel Huson,
Regula Rupp,
Vincent Berry,
Philippe Gambette
et Christophe Paul,
Computing Galled Networks from Real Data,
ISMB/ECCB'09 (Proceedings of the 17th Annual Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8th European Conference on Computational Biology), Bioinformatics 25(12), p. i85-i93, [DOI]. - 2009 :
Philippe Gambette,
Vincent Berry
et Christophe Paul,
The Structure of Level-k Phylogenetic Networks,
CPM'09 (Proceedings of the 20th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching), LNCS 5577, p. 289-300, [DOI]. - 2008 :
Philippe Gambette
et Daniel H. Huson,
Improved
Layout of Phylogenetic Networks,
TCBB (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics), 5(3), p. 472-479, [DOI].
J'ai travaillé sur d'autres thématiques pendant ma thèse, voici ma liste complète de publications.
