Stage de fin de master à l'université de Tübingen (encadrement : Daniel Huson)
(in English)Sujets abordés
Optimisation de la représentation des splitsgraphs (ou split graphs, ou split networks).
Pour représenter l'évolution des espèces, ou des gènes, le modèle classique est l'arbre phylogénétique. Mais il s'avère insuffisant pour représenter les transferts horizontaux de gènes, les recombinaisons ou les hybridations. Dans ce cas, on est amené à utiliser des réseaux phylogénétiques.Le logiciel SplitsTree permet de représenter plusieurs de ces réseaux, dont un cas particulier très utile : les "splitsgraphs". Ces graphes représentent les conflits phylogénétiques, en faisant apparaître des boîtes aux endroits où l'évolution est incertaine. On peut obtenir un splitsgraph en effectuant un bootstrap sur un arbre phylogénétique, mais aussi en prenant le consensus de plusieurs arbres, éventuellement ayant un nombre de taxons différents.
Mon objectif lors de cette première partie du stage était l'amélioration du dessin de ces splitsgraphs dans SplitsTree, en faisant augmenter l'aire de ces boîtes qui représentent les conflits phylogénétiques. Ce travail a été fait en commun avec Daniel Huson.
Optimisation de la représentation de réseaux réticulés.
Quand on ajoute des réticulations à un abre phylogénétique, par exemple causées par
des recombinaisons, il est possible que les arêtes nouvellement ajoutées en intersectent
d'autres de l'arbre de départ. Changer l'ordre des taxons pourrait réduire le nombre de
ces intersections. Mon travail avec Tobias Klöpper a consisté à trouver une heuristique
pour minimiser le nombre total d'intersections. Celle que nous proposons est
fondée sur le concept de graphe dual, avec une distance qui reflète le nombre d'intersections,
et un processus d'image miroir pour réduire cette distance
dans un algorithme de récuit simulé.
Bilan du stage :
- Un article avec Daniel Huson bientôt dans TCBB : Improved layout of phylogenetic networks.
- Un tutoriel d'utilisation de SplitsTree pour construire un arbre phylogénétique à partir d'une matrice de distances.
- Présentation du stage à l'ENS Cachan (diapos PowerPoint, format PDF, 15 septembre 2005).
- La représentation des réseaux phylogénétiques : rapport du stage du 3 mars au 8 août 2005.
- Présentation des résultats effectuée au séminaire des doctorants et stagiaires le 6 juin 2005, sur l'amélioration de la représentation des splitsgraphs (diaporama Power Point, PDF sans animations, en anglais).
- Photos de Tübingen.
- Où se trouve Tübingen ?
10 boucles de l'algorithme d'ouverture des boîtes.
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